儿童医院消化内科成立于2012年2月，目前拥有消化内科专科病房、消化内镜中心、感染消化病实验室、消化内科专科门诊等组成。拥有54张固定床位和一支专业的医疗和护理队伍，目前共有医生15人，其中正高级职称2人，副高级职称2人，中级职称6人，初级职称5人，均为硕士研究生以上学历。专业护理队伍19人。承担儿童医院消化系统疾病的临床、科研、教学等各项工作。并对省（市）内外各级医院疑难儿科消化系统疾病患者进行会诊与治疗指导。目前儿童消化内镜检查及内镜下诊治达5000例次/年。承担国家级、市级课题10余项，国内外杂志发表科研论文50余篇，SCI收录15篇。